1388年——1393年??明太祖致力于战后恢复，勤于内政，史称“洪武之治”。
1388年，云南麓川（云南瑞丽）百夷首领思伦发聚众叛乱。叛众多达三十万。
沐英率领三万精锐骑兵前去讨剿。司伦发派出象兵迎战。
战象背负战楼，身披铠甲。叛兵站在战楼中居高临下向明军投掷短槊。好在沐英带来了火器营，命令火器营士卒手持火铳排成三行，依次射击。火铳齐发，声震山谷。战象受惊，抹头就跑。叛军的阵型被冲乱。明军趁势冲锋，大败叛军。此战明军“斩首三万余级，俘万余人”。
司伦发率领残兵逃走。但是在明军的压迫下，司伦发不得不向明军投降。
同年，明将蓝玉得到一个重要情报，北元皇帝脱古思帖木儿躲在捕鱼儿海（外蒙的贝加尔湖）。
元帝爱猷识理达腊得病死了，传位给弟弟（也有说法是儿子）脱古思帖木儿。脱古思帖木儿躲在大漠深处，时不时南下劫掠明朝边境。
蓝玉请示明太祖后率领15万北上搜捕脱古思帖木儿。
明军偃旗息鼓，倍道兼行，翻山越岭，横穿沙漠，长途跋涉800里来到捕鱼儿海。明军到达捕鱼儿海的时候正赶上刮沙尘暴。黄沙漫天，对面不见人。脱古思帖木儿正在和众臣在大帐里喝酒，丝毫不知道明军已经迫近。
明军一声呐喊冲击敌营，见人就杀，见人就砍。蒙古人炸了窝，四处奔窜。脱古思帖木儿得知明军杀来，跳上一匹马就跑。无人指挥的蒙古军被明军全歼。
脱古思帖木儿带着太子、丞相等数十人逃往和林，途径地头蛇也速迭儿的地盘。
也速迭儿是当年和忽必烈争夺大汗之位的阿里布哥的后人。他见脱古思帖木儿如丧家犬一般，气不打一处来。想当年你老祖宗出阴招夺了我老祖宗的大汗之位，结果搞得蒙古大分裂。现如今你们这帮不肖子孙又搞丢了几代蒙古人辛辛苦苦打下的地盘。当年的大汗只想着进攻，你们这帮家伙只知道逃跑，丧师失地，节节败退。
也速迭儿派兵捉来脱古思帖木儿，一根弓弦送他上了西天。
也速迭儿弑君自立，自称全蒙古的皇帝，号召全蒙古都统一在他麾下。但全蒙古都不承认他这个皇帝，纷纷脱离元朝自立。蒙古草原重回一盘散沙混战一团的状态。
蒙古陷入内乱，朱元璋也就懒得理了，之后再没有出兵北伐。朱元璋北伐目的主要是为了消除边患而不是开疆扩土。大漠荒无人烟，既不能驻兵也不易屯耕，打得下来守不住，索性不要，省得劳民伤财。
朱元璋南征北战之后，中国传统之地基本都被恢复，完成了中国的再统一。
“驱逐鞑虏，恢复中华”的任务基本告一段落，明太祖的工作重点开始转移到“立纲陈纪，救济斯民”上面。
战乱之后头等大事就是要休民养息，恢复生产，把老