不至，终至病笃难治。自知命不久长，乃召王导入内，受遗诏托孤辅政。王导入内，叩拜于地，聆听元帝遗训道：“朕自琅琊得遇贤卿，自此不幸病危，料难逃天命。朕闻神尧曾以一旅而取天下，我却以天下而不能讨灭五胡，以雪三帝之仇，每引为终身之恨，愧见先帝于地下耳。”言讫昏厥。王导跪地聆听，不敢稍动。片刻，天子又徐徐而醒，勉力叮嘱道：“太子笃厚恭谨，可任以大事。卿等宜尽力辅佐，各尽忠义之心，以图灭胡之计，切勿稍怠。”言讫，复令唤太子近前，叮咛再三而崩。临终之时，帝年四十七岁，在位一十六年。史载元帝本性简俭冲素，甚能容纳直言。初镇江东之时，颇好以酒误事，王导深以为谏，帝自此覆觞，绝不饮酒。有司尝奏太极殿广室宜施绛帐，元帝道：“汉文集上书皂囊以为帷。”于是令冬施青布，夏张青纱帷帐。将拜贵人，有司又请市雀钗，元帝因烦费甚巨而不许。所幸郑夫人等，衣无文彩，常服而已。
于是元帝驾崩，司空王导引百官举哀，发葬于建平。大丧即毕，扶太子司马绍即位于太极殿，改年号为太宁，百官上尊号肃宗明皇帝，尊生母荀氏为建安君。群臣皆上表拜贺，明帝命光禄寺摆设酒宴大会群臣，加封王导为郡公，进位太保，赐剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名。王导受职谢恩，竭力辅政，尽心王室。明帝司马绍字道畿，乃晋元帝司马睿长子，母为宫人荀氏，史载出身不详，因明帝黄须隆鼻，王敦则疑其为鲜卑人种。明帝幼而聪哲，为元帝宠异。年幼时，其父司马睿闲坐，将其放置膝前；正遇长安使者来，因问司马绍：“你说太阳与长安哪个远？”司马绍随口回答道：“长安近而日远。因不曾听说有人从日边来，故此可知。”晋元帝闻听此答，甚觉奇异。次日，元帝宴会群臣时，欲使群臣惊讶，于是又问太子。太子又随口答道：“日近。”元帝脸色大变，不由问道：“何异于前日之言耶？”司马绍答道：“因举目抬头即可见日，但却不见长安。”由此元帝更以为奇。司马绍向为太子之时，欲挖池塘，修建亭台，元帝不许。太子喜欢招养武士，遂命于半夜挖池，到天亮乃成，谓太子西池。因原为东吴西苑，后积满淤泥，司马绍命将修复而已，故工程甚速，瞒过元帝不知。又明帝为太子之时关心天下大事，常问政于群臣。一次王导和温峤一起谒见东宫，太子一时兴起，便问温峤：“我大晋前朝能代魏平吴，统一天下，其原因究系为何？”
温峤闻言陷于思索，一时未及奏对。王导在旁早已抢答道：“温峤年轻，不熟悉前代之事，请容臣为殿下言之。”于是叙说晋宣帝司马懿开始创业之时，如何诛灭曹魏朝中有名望家族，如何宠幸并栽培私党，以及文帝司马昭晚年，如何杀高贵乡公曹髦之事。司马绍听后，非但不喜，反而掩面伏于坐榻之上，神色黯然说道：“若果如王公所云如此，祖先皆以诡计得国，则我晋祚安能长久哉！”太宁元年，王敦闻知太子登基，即又谋求篡位，于是借上贺表之机，在表中讽谏朝廷，宜征召自己入朝辅政。司马绍于是诏征王敦，拜受假黄钺、班剑武贲二十人，赐其