移师退守，因部将张奕暗通王贡，里应外合，陶侃复大败于汉江。因坐船被叛军钩住，幸亏跳小船而走，朱伺奋力苦战，才得以脱险。张奕投奔叛军，陶侃因兵败被免官，王敦表请陶侃以布衣身份领兵。陶侃复率周访等诸将入湘，以都尉杨举为先锋，终将杜弢击败，屯兵湘城之西。
杜弢不甘失败，遂使王贡率三千精兵出武陵江，诱骗五溪蛮夷相助，以水师截断官军道路，直逼武昌。陶侃派郑攀及伏波将军陶延连夜进军巴陵，出奇兵大败王贡，斩首千余级，降者万人，王贡退回湘城。此时杜弢因疑张奕通敌而杀之，叛军皆不自安，投降陶侃者日益增多。杜弢复命王贡前来挑战，在营前骂阵。陶侃引军出营，亲出阵前道：“杜弢乃益州小吏，盗用国库钱财，父死不奔丧，是不忠不孝之辈。卿本是好人，为何随其胡为？天下宁有得以善终叛贼乎！”王贡骂阵时将左脚横架于马背，傲然无礼，闻陶侃之言，遂肃然端坐，施礼答道：“末将为私用明公将令，恐明公怪罪，非敢真反朝廷。”陶侃知其有投诚之意，于是就阵前截发起誓，决不追究擅发军令及降贼之罪。王贡于是阵前倒戈，杜弢大败而走，死于逃亡途中。陶侃攻克长沙，俘杜弢部将毛宝、高宝、梁堪，杜弢叛乱遂被平定。
未料陶侃为朝廷建此大功，反被当初一力举荐者王敦忌妒。陶侃欲返江陵，前往向王敦告辞，王敦即将其扣留，降为广州刺史、平越中郎将，令从弟王廙任荆州刺史。荆州僚属请求留下陶侃，王敦怒而不许。陶侃部将郑攀、苏温、马鯭等人不愿南下，便西迎杜曾以抗王廙。王敦认为郑攀是奉陶侃旨意，欲杀陶侃，反复数次意不能决。陶侃知其心意，于是正色道：“使君雄毅果断，能决天下大事，今何如此犹豫不决？”便起身如厕。谘议参军梅陶、长史陈颁对王敦说道：“周访与陶侃互为姻亲，如左右手也。岂砍其左手，而右手不来相助哉？”王敦忌周访惯战，这才作罢，设宴为陶侃饯行。陶侃怕生变故，遂连夜出发，前往广州。王敦亦恐陶侃召集旧部造反，遂留其子陶瞻为参军，算作人质。陶侃到达豫章，见到周访，流泪说道：“若非亲公以作外援，我性命难保矣。”周访即备酒宴，与亲翁压惊。
陶侃将入广州之次，正逢杜弢余部杜弘与温劭等造反，引兵占据交州。闻陶侃将至，杜弘企图诈降偷袭，陶侃识破其计，布兵设阵，一举将杜弘击溃。诸将皆请乘胜进攻温劭，陶侃笑道：“今我大破杜弘，威名显赫，叛贼皆丧胆矣。何必再动刀兵？只需一纸布告即可。”于是传檄交州，告谕叛军诸将，速斩温邵来降，即可免罪。温邵大惧，急越城而逃，被陶侃遣追兵在始兴将其抓获，杀之传首京师。陶侃因功被封为柴桑侯，食邑增至四千户，后进号平南将军，又加都督交州军事。永昌元年，王敦乱起，朝廷便诏陶侃以本职领江州刺史，又转任都督、湘州刺史。王敦首次叛乱得胜，引兵攻入建康，即复陶侃本职，又加散骑常侍，意欲拉拢。当时交州刺史王谅为叛贼梁硕杀害，陶侃派部将高宝进击，将梁硕击败，王敦复奏请朝廷诏命陶侃领交州刺史