不听，议与群臣，群臣皆道不可，庾亮反而上来文人脾气，竟至大怒，皆不听从。当时苏峻在历阳亦闻说将被征召之事，遂遣部下行军司马诣京，至庾亮府代为固辞，庾亮亦不许，乃命有司下诏，征苏峻为大司农，使其弟苏逸代掌其部众。苏峻大怒，遂不应命，果然就此举兵谋反。
温峤闻报苏竣抗征谋反，便欲率麾下之众东下，护卫建康；三吴之地郡守刺史闻之，亦皆响应温峤，欲起兵来讨苏峻。庾亮闻说如此，急使人下书于温峤道：“某忧西陲之患，犹过于历阳；望公谨守此处，无过雷池一步，便是拥护朝廷。”温峤奉命，只得按兵不动。庾亮复致书与苏峻，责其反状，劝其应诏受职。苏峻回其书道：“阁下既云苏峻欲反，某若进京，岂得活命乎？我宁可山头望廷尉，不能廷尉望我山头也。”庾亮观书大怒，于是预备迎敌。苏峻见此，谓不得不反，于是与副将刘仁商议。刘仁建议道：“今闻豫州刺史祖约与庾亮不睦，怨望朝廷。其部下兵精粮足，明公若遣人持书，推其为盟主，共讨庾亮，共除君侧之恶，则祖约必从，大事成矣。”苏峻道：“此计大善。”于是使持书来见祖约，请为联盟，共讨庾亮。祖约大喜，回书即刻以兵应之，遣使回报苏峻。内史桓宣苦苦谏道：“使君不可。公欲为雄霸，若助朝廷讨伐苏峻，则威名自举，易成大功。今乃与其俱反，是为天下共贼也，安得久乎？”祖约不从，桓宣遂与其绝交，留书而去，誓死再不相见。于是祖约遣兄祖逖之子祖沛、祖涣，女婿许柳率兵二万，前来会合苏峻，合兵共得五万余人，来袭姑孰。
咸和元年十二月，苏峻叛军既发，朝廷已经得知。庾亮集齐文武于朝堂，共议对敌之策。尚书左丞孔坦、司空司马陶回言道：“我应趁苏峻大军未至，急遣兵断绝阜陵，守江西当利诸渡口，则彼寡我众，一战决胜。今我不先往，待敌兵先至，则京师人心危骇，难与战矣。”王导深然其言，但庾亮不从。就在犹豫不决之间，苏峻已遣部将韩晃攻陷姑孰，取其盐米钱粮，以供三军。庾亮闻报，此时方悔，急使左将军司马流率军三万，据慈湖以拒叛军。
时宣城内史桓彝闻苏峻反叛，便欲起兵勤王，长史裨惠谏阻道：“今郡兵寡弱，久未阵战；且若倾兵而出，山民若来扰乱，当复如何？将军宜按兵不动，静待其变可也。”桓彝厉色斥道：“见无礼于其君者，若鹰隼之逐鸟雀。今社稷危殆，义无晏安，我何敢论其寡弱，坐视成败耶！”乃慷慨流涕，将全城精锐尽出，屯于芜湖。韩晃大军掩至，桓彝兵少，与战不利，遂退回宣城；韩晃复引得胜之兵来攻，又复退广德。徐州刺史郗鉴亦欲率所镇部兵往赴国难，朝廷恐后赵趁机入寇，下诏不许动徐州之兵，于是郗鉴未敢南行。叛军与朝廷之兵对峙年余，胜败未分。咸和三年，温峤欲救建康，率军屯集于江州城外以待。
且说苏峻意欲速战速决，遣使催促韩晃进兵，前至慈湖。司马流为人平素怯懦，闻而大惧，以至吃饭之时，夹菜不能送到嘴中，以至汤汁淋漓。闻报韩晃遣将在营外骂阵，又不敢不出迎战，勉