，亦未入其门。子将此兵法及武功秘要持回，需秘密勤奋修练，勿负我父及历代仙师所托。”刘裕大喜，再拜而受——于是此后便为鬼谷门第三十代掌门。
刘裕还报刘牢之，拜受鬼谷掌门一事隐过不提。刘牢之遂依谢公之议，分兵合击共进，将孙恩各郡余部渐次消灭，会师钱塘，上奏朝廷。晋文帝担心孙恩再来，于是令刘牢之还镇，留谢琰驻防会稽。隆安四年，孙恩复引众登岸，再次进攻建康。谢琰复请调刘牢之引军前来，二人合力再次击退孙恩。因谢琰极具资历名望，当时朝议皆谓其必定能平定叛乱，安定三吴。而谢琰三战孙恩皆胜，亦自轻敌，到会稽郡后既不安抚士民，亦不修整武备。帐下诸将进谏道：“今强贼在海，伺人形便，将军宜振扬仁风，收降纳叛，开其自新之路。”谢琰不以为然，对众大言道：“当年苻坚百万之众，尚且送死淮南；况孙恩仓皇逃到海上，怎能东山再起！若孙恩再来，正是上天不容，让其速来送死而已。”于是耽于围猎，并不练兵。
隆安四年五月，孙恩率众出浃口，攻余姚，破上虞，抵山阴县北之邢浦。谢琰初遣参军刘宣之击退孙恩，但不久孙恩又再进邢浦，败上党太守张虔硕，直向会稽进发。当时人心惊骇，部将皆谓应严密防备，在南湖设水军列阵，并分派伏兵突击来袭叛军，然而谢琰皆不听。至五月己卯日，孙恩兵临会稽。谢琰轻敌，早晨不待传餐，便令部众出战，遣广武将军桓宝为前锋，自率大军绕行间道，欲迂回敌后，一举平定孙恩叛乱。桓宝奉令引军而出，一战得胜，杀敌甚多。孙恩又故伎重施，见战之不利，复引军还归船上，欲再泛舟入海；但见桓宝兵少，遂不即逃走，列其兵众于江面，与晋军水陆相持，以待时变。再说谢琰派出先锋迎敌，自率大军在河塘之间窄路而出，欲抄袭叛军后路。不料乡间遍布水塘，大军无法结阵而行，只得排成一字长蛇之形逶迤而行，人马杂踏，再无隐蔽可言。岸上布有叛军细作眼线，发现谢琰大军，遂急忙下船，报与主将，说晋朝大军正沿江而行，欲抄我军后路，断我退往海上归途。孙恩闻此大怒，说道：“今番不是你，便是我！”遂令全军将船靠岸，在江面船舰中向陆上射箭，攻击晋军。谢琰军队毫无防备，首尾不能相顾，被一阵箭雨之后便前后断绝，四散奔逃。孙恩见状大喜，急命全军上岸击杀，将晋军断作三截，分而围歼。
晋军不敌，大败于千秋亭。当时飓风突起，大雨如注，泥地不堪行走，晋军怨言四起。孙恩见状扬声叫道：“杀谢琰父子者，赏千金，封万户侯！”晋军听了军心涣散，皆无战心。谢琰见身周只余二百亲兵，于是传令突围。帐下督护将军张猛心生恼恨，怒谢琰弃众不顾，又复贪图赏金，于是举刀从后砍翻谢琰战马，谢琰堕地被杀，二子谢肇、谢峻亦同时遇害。晋军大溃，折损一万余人。张猛遂率禁卫军向孙恩投降，孙恩皆命重赏。有谢琰败军逃回建康，向朝廷还报凶讯。晋安帝闻谢琰战死大为震动，遂复派冠军将军桓不才、辅国将军孙无终及宁朔将军高雅之率众抵抗孙恩，战事一直持续到十一月，不