能取胜。终是刘牢之率北府兵进攻孙恩，逼其再次撤回海岛。战后，朝廷追赠谢琰为侍中、司空，谥为忠肃公。
隆安五年二月，孙恩再度登陆进攻句章，又为刘牢之所败，撤回海上。孙恩于是转攻海盐，刘牢之命刘裕到海盐筑城抵抗。因见晋军所筑新城矮小不固，且士兵不过数百，孙恩以为必胜，命令部众全力攻击。刘裕面对强敌从容不迫，披坚执锐身先士卒，每战都冲锋在前，将谢琰所授鬼谷秘藉中兵法、武功一一展现，大见奇效。孙恩知道无法取胜，于是改攻沪渎。吴国内史袁山松于上年便已修筑沪渎垒，此时便以其抵御孙恩进攻。沪渎垒者，便是今国际大都市上海前身原型也。孙恩率众拼力攻击，终于攻下沪渎垒，晋军四千人战死，袁山松亦遇害。至隆安五年春，孙恩频繁进攻句章，却每次都被刘裕设计击败，徒劳无功。三月，孙恩北击海盐县，刘裕跟踪追击，在海盐县城旧址筑起城池。孙恩军前来攻城，时城内兵力空虚，刘裕则挑选数百人组成敢死队，皆脱掉盔甲，手持短兵，击鼓呐喊出城以击。贼军士气大丧，丢盔卸甲逃散，大帅姚盛被斩。刘裕虽连战连胜，但忧虑众寡悬殊，于是假装弃城而逃，诱使贼军蜂拥进城；复乘贼军懈怠攻城伏击，终获大胜，孙恩再次逃遁出海。
六月，孙恩再次乘船渡海，突然进军丹徒，将士众达十余万人。刘牢之不敢迎战，复还驻军山阴，以致京师震动。刘裕日夜兼程来援，与孙恩军同时抵达丹徒。当时众寡悬殊，又加长途急行奔袭，刘裕军十分疲惫，而丹徒守军又无斗志。孙恩率兵数万，击鼓呐喊攻打蒜山，蒜山居民皆持扁担以抗。正在危急之时，刘裕赶到，自后率部猛攻，又大败孙恩，叛军跳崖投水而死者甚众。此战之后，朝廷加封刘裕为建武将军、下邳太守，命领水军追至郁洲。两军相交，孙恩又大败，率残部沿海南逃。十一月，刘裕追击孙恩到沪渎，在海盐复大败之。刘裕三战三捷，俘虏贼众数以万计。孙恩军自此之后士气锐减，复由于饥饿瘟疫死亡大半，遂从浃口逃到临海，被逼再次退守海岛。元兴元年，孙恩再攻临海郡，被临海太守辛昺击败，部众已经所余无几。孙恩此时叫天不灵，呼地不应，乃仰天长叹道：“上天既生我孙恩，何必复生刘裕！”眼见晋军紧追不舍，已成合围之势，再回海岛亦不可得，为免被晋军生擒，于是投海自杀。时有数百部众见主将自尽，亦随其一同蹈海，孙恩之乱至此结束。
列位看官！话说自淝水大战以来，东晋偏安东南一隅，二十余年并无战事，致使满朝文武皆不知兵，所谓文恬武嘻，故能使孙恩一帮乌合之众为害多年，官军无计可施，朝廷束手无策。也正因如此，倒成就了刘裕此等寒门庶族威名，不亦天意使其然哉！刘裕自从军之后，转战三吴数年，屡充先锋，每战挫敌，其军事干略至此方才初步显露，尚未至于大展。在此数年征战之中，其不仅作战勇猛，且指挥有方，富有智谋，善于以少胜多，真乃统兵奇才也。当时晋朝诸将纵兵暴掠，涂炭百姓，独有刘裕治军整肃，法纪严明，颇有当年诸葛武侯用兵神韵，自东