来执行，一时间内海面清宁得多了。
郑芝龙的归降，带来了许多西方人和西方人的回忆录，也有许多即通中文，又通西文的通译人才，而许多这样的人才，郑芝龙都愿意献给朝庭或海军部，因为郑芝龙需要的钱和权，把握的主要是军队和收钱的方式，这些只是手下的人员，让出部分没有什么损失，而朱弘正看重这些人。
在增加了部分西方资料时，通译资料也加强了，编修了一些可以称为字典前身的相当于中荷字典，中葡字典的内容。请西方的通译人才合作和相互应证通译效果。葡萄牙、西班牙、荷兰人都有许多人经过郑芝龙的引见为大明效力。
郑氏的归降也说明了一个新前景，海盗基本上肃清或即将彻底肃清，海运可以发展起来，沿海的港口或避风港也基本建成，长江口或长江口以南的地区的货物可以选择海运进京。运河的运输压力大减。
中国的商船，以前抗风暴的经验不足，若天气好，则能航行自如，若有风暴，则需要沿途有停靠点，如日本南归的商船就依靠琉球的小岛链做为停靠点，而中国大陆原先因为沿海的停靠点没修建好，而过多的利用运河。现在有足够的资料，就好分析西方人在大洋中行驶是怎样抗击风暴的。本来郑和航海也有许多对抗风景的经验，可惜，其资料被文官销毁了，现在其经验技术失传了。
招降郑芝龙后，利用郑芝龙的关系，与西方人的联系更多了，以前的陈可恒和刘秉成是以信王的名义派到欧洲的，现在可以以皇帝的名义派人到欧洲学习，学习别人拥有而大明还不足的内容。这次派的人较多，并不限于信王府的学习班人员，也不限制于懂西方语言的人，能迅速学会西方语言，能学习东西的人都可派遣，以后也有必要的时常派遣。
在现有的体系内再次选拨人员到西欧学习考察，自然科学知识为重点，其它知识也可学，只要学有所成就行。当时西欧已发展起来了，有些内容超过了大明，或者说，大明当时已失去了全面领先的地位，只是部分内容还处于世界最先进水平。明末的学子去任何地方，都是平常事，没有人横加干涉，没有晚清时五大巨出洋那种舆论阻力和歧视。
三个月的谈判，招降郑芝龙成功，已到了崇祯元年九月份。郑之龙招为游击，但懂异山升为参将，高郑之龙一级。郑芝龙负责肃清福建海面的任务。郑芝龙反正之后，刘香率队到了广东，彻投向荷兰人，郑芝龙迅速扫荡几股小海盗，福建海一时都在郑芝龙的控制之下，除广东的潮汕一角不定外，中国海面一时肃清。
与此同时浙江海面也出现好形势，扬普新海军受到了锻炼，边练兵，边剿海盗，到崇祯元年底，基本肃清的浙江的海盗。
崇祯元年秋冬之季，操江提督的割据区域，把长江运河或有关江河的沿边连接起来了，许多沿江河地区以水利单元为单位划入了特区，原先的纤夫区域扩大了许多，其原因有多方面：
一是特区建设是建立国人与国家联