此崇祯不敢把步子迈得太大，还是皇帝暂掌大权。皇帝之下分文武两班，武班有总参谋部，五军都督等。文班有三院六部，督察院，大理寺，圣院，科学院等机构。
中央下属各行省仿照中央的三院六部建立类似机构。
省级中书院设三个中书令，相当于一正二副，也可简称高官或高官，也行使原巡抚和承宣布政使等省级高官的职务。
省中书院在中央的政策下，制定本省的政策，交门下院审议通过后，由省尚书院执行。
省尚书院按原职能运行，主要执行门下院通过后的政策和事务，也可向中书院提出意见和反馈情况。
省门下院也由议郎组成，省议郎由各府州选推，各议郎中有议事和表决权。省门下院主要审议省中书院的政策法令，宣讲中央的政策。
省级同样设立省督察院和省大理寺。一名督察院的副院长组织班子记录省门下院的事务并向公众公布。省督察院和省大理寺由中央督察院和中央大理寺直接掌管。
省级的都指挥使取消，军队由总参谋部统一指挥。崇祯六年，新军全面接管府县的军事力量，全国的军力量分为野战军，边防军，地方军和海军，所有军事力量由参谋部调配。
省级的提刑按察使也取消，省司法有关内容由大理寺系统直接管理，有关地方的刑事事务由省刑司管理。
承宣布政使职位保留，名称有所变化。布政使改为高官或高官，同样，巡抚等省级高官改名为高官或高官，省中书院的中书令，可兼职高官或高官之行政首脑职务。
地方州、府和县不设中书院，仿照省级组织，设置各种简化版本的衙门，县州府设立定期召开的门下院，审议和监督各衙门的工作。