已经离开国民党，不便直接布置暗杀，必须找个代理人。这倒也不是难事。国民党两位重量级人物黄兴和陈其美是他的拥趸，号称左右股肱。其中陈其美是上海都督，控制着上海。并且他还是青帮大字辈的大佬。上海帮会包括应桂馨都听命于他。陈其美想在上海杀宋教仁不过是一句话的事。暗杀也符合帮会的做事风格。
杀宋教仁可以一石二鸟，一则助孙中山回归国民党，二则嫁祸袁世凯为“二次革命”造势。
当然，无论袁世凯、赵秉钧还是孙中山都是杀宋的嫌疑人，但是没有任何证据证明他们是凶手。
最早人们认为赵秉钧是最大嫌疑人。后来袁世凯成了“窃国大盗”，宋教仁案的最大嫌疑人也随之变成袁世凯。现在的怀疑对象倾向于多元，赵秉钧、袁世凯、孙中山都是嫌疑人。
孙中山在当时的表现非常激进，有时候就像一个搅屎棍，唯恐天下不乱。为了实现他的理想，他不惜做任何事。连出卖国家主权的事都做的出来，还有什么事不敢做？为了坐实临时大总统，他差点破坏了南北和谈。为了夺回gmd领导权，他杀宋教仁也不是不可能。他取得gmd领导权后立即打响了中国分裂的第一枪。
刺杀宋教仁是历史疑案，直到现在也无法定案。究竟是谁幕后指使杀害宋教仁无人知晓。但有一点很清楚，中国的议院政治刚开始便走入歧途，并且越走越远。