力以赴继续北伐。
先前派出去的三路北伐军孤军奋战，先后失利。
西路军杀入关中，一度杀至长安城下，但遭到元军的反扑后溃败。
中路军洞穿山西杀入上都，将上都焚毁后又东进辽东打败了高丽（朝鲜）。高丽王弃城而逃，红巾军占领了高丽都城开京（朝鲜开城）。占领高丽后，红巾军看到满城的花姑娘忘了自己是干嘛来的了，就地成家不走了。高丽王不久后发起反攻。老丈人、小舅子忽然翻脸，把红巾军从姑娘炕上拖下来一刀砍了。残余红巾军狼狈逃过鸭绿江跑回国内，不想又撞上元军，只好举手投降。
东路军横扫山东一直打到大都的家门口蓟州（天津蓟县）。妥欢帖睦尔吓得不轻，急召四方勤王。勤王军未到，起义军已经杀至漷州（北京通县漷县镇）。妥欢帖睦尔吓得要去“北巡”，被手下死拉活劝才留下来。所幸柳林（北京通州区牛堡屯村）一战，起义军战败撤走，妥欢帖睦尔才稳住心神。
东路红巾军回到山东后重新建立起根据地。这时，芝麻李的部将赵君用率部来投红巾军。红巾军的首领毛贵原先是赵君用的手下，见赵君用落难来投自然不能拒绝。谁承想赵君用却包藏祸心，伺机杀死毛贵，企图吞并东路军独霸山东。毛贵的部将率军报仇，杀了赵君用。山东起义军从此陷入内讧，开始自相残杀。
红巾军三路北伐大军先后失败，实力大损。
但是红巾军北伐也重创了蒙古人的军力。同时，红巾军逼近大都，焚毁上都，也重创了蒙古人的心理。
元军精锐损失殆尽。妥欢帖睦尔现在能依仗的只剩下察罕帖木儿和李思齐两支部队。
察罕帖木儿是居住在颍州（安徽阜阳颍州区）的色目人。祖上随蒙古军队攻陷河南，之后便留在颍州为官。红巾军起义后，察罕帖木儿自己组织了一支军队配合元军与红巾军作战。因为屡立战功，察罕帖木儿不断升官，官至平章事。他的军队也不断扩充，成为元军的主力部队。
李思齐是罗山（河南信阳罗山县）的大地主。红巾军杀到罗山时，他组织了一帮人去和红巾军作战。红巾军为吸引贫苦百姓闹革命，喊出“摧富益贫”的口号，每到一地就开始打土豪分土地。地主豪富纷纷组织军队自卫。李思齐的军队就是其中的一支地主武装。后来也因为战功，李思齐被封为兵部尚书。
红巾军三路北伐时，察罕帖木儿和李思齐奉调进关。他们在陕西联手挫败了红巾军的西路军。西路军残余投降了李思齐。
红巾军的东路军进逼大都时，他俩又奉诏勤王，率军进驻河北。红巾军南撤后，元军也趁机发动反攻。
1359年，察罕帖木儿水陆并进围攻汴梁。刘福通屡次出战都被察罕帖木儿击败，只得死守不出。
经过数月苦战，汴梁弹尽粮绝。察罕帖木儿趁机对汴梁发动总攻，一举攻克汴梁。刘福通在城陷之时率领数百骑兵保护