着小明王突围而出，逃往安丰（安徽淮南寿县）。
元军重新占领了河南。察罕帖木儿率军转战山东。
李思齐这时已经完全控制了关中。西路军的残余投降了李思齐。李思齐随即进攻四川，在嘉定（四川乐山）击败明玉珍。
明玉珍是徐寿辉的部将。他随徐寿辉杀入湖北，率军逆江而上去巫峡筹粮。有情报说重庆守备空虚，他率军偷袭得手，占领了重庆。随后他以重庆为基地派兵四出扩张地盘，攻克成都、嘉定、兴元（陕西汉中）等地，最终占领了整个四川。
徐寿辉的部将陈友谅杀了徐寿辉自立为帝。明玉珍不能接受陈友谅以臣弑君，自立为王，与陈友谅划清界限。
1361年，察罕帖木儿趁山东起义军内讧，与外甥扩廓帖木儿兵分两路夹攻山东。起义军抵挡不住元军的攻势，节节败退。红巾军将领田丰和王士诚献城投降。只有益都（山东潍坊青州市）死战不降。察罕帖木儿围住益都日夜攻打。
益都旦夕可下。就在这时候，先前投降察罕帖木儿的田丰和王士诚又后悔了，决定反叛察罕帖木儿。两人设计将察罕帖木儿请到自己的大营，一刀刺死，然后率军投奔益都。
扩廓帖木儿接管了察罕帖木儿的军队，发誓为察罕帖木儿报仇。他身先士卒率军攻城，一举攻陷益都。城陷之后，他把红巾军全部杀死，把田丰和王士诚的心挖出来祭奠察罕帖木儿。
这个扩廓帖木儿的父亲是汉人。他还有一个汉人名字叫王保保。
王保保据守黄河稳定住局势，把起义军限制在南方。